Você pode usar o EasyBCD para especificar qual disco sua máquina deve inicializar na seção "Instalação / reparo do BCD" seção. Você pode então excluir os arquivos de qualquer unidade que você não tenha selecionado no EasyBCD.
Divulgação: Sou o autor do EasyBCD (freeware, vencedor do prêmio)