Você não pode, e mesmo se você pudesse desativá-lo, não ajudaria, porque o PuTTY não suporta os códigos de tecla para combinações de teclas modificadoras com as teclas de cursor e de função.
Talvez exista um derivado do PuTTY que suporte essas combinações. O Mintty, o terminal Cygwin baseado em bits do PuTTY, certamente os suporta, e também permite que o modificador de rolagem seja configurado ou desativado.