Até onde eu sei, o Thunderbird ainda é considerado o melhor cliente IMAP, e a versão 3 supostamente melhorou o suporte ao IMAP.
Houve algumas alterações no IMAP no TB3, que estão resumidas em Thunderbird 3.0 - Novos recursos e alterações Contas IMAP .
A mudança mais significativa foi que, ao atualizar a versão 2.0 ou anterior, todas as contas IMAP são marcadas para uso off-line, o que pode reduzir a velocidade do TB, mas evita um problema ao imprimir mensagens com anexos. Se esse problema não lhe diz respeito, você pode desfazer a alteração para melhorar o desempenho.
Seu problema também pode ter sido causado por uma atualização incorreta do TB3. Você pode tentar desinstalar o TB3, limpar a pasta de instalação e instalar novamente.
Eu pesquisei os fóruns de suporte do Thunderbird e não encontrei nenhum relatório significativo sobre problemas com o IMAP, e perguntas recentes pareciam ter sido bem respondidas. Então, se o acima não ajudar, sugiro que você tente os fóruns novamente.
Se o problema ainda não foi resolvido, mas não ocorreu no TB2, sugiro que volte a ele, pois ele ainda é provavelmente o melhor cliente que você pode encontrar. Você também pode tentar os clientes de e-mail do Windows e OS X (mas eu pessoalmente ainda preferiria TB).