Estou um pouco incerto sobre o método usado para reinstalar o Windows, mas isso pode não ser importante, já que você não deseja destruir totalmente sua configuração.
Formatar o disco é a única maneira certa de começar de forma limpa Estado. Os vírus podem se esconder em todos os lugares e podem até sobreviver à reinstalação do Windows. Mesmo após a reinstalação com o formato, a infecção ainda é possível se você estiver instalando um pacote infectado.
Ultimamente tem sido encontrado casos em que bandidos legalmente compraram produtos populares ou extensões de navegador e lançou um "novo e melhorado" versão que continha um vírus, assim, por exemplo, deixando o seu navegador recurso de atualização automática infectar novamente o computador para eles.
A única outra solução além da formatação é multiplicar as verificações de antivírus por vários produtos, e continue fazendo isso por algum tempo no futuro. Eu recomendo Malwarebytes como um. Veja também o artigo Melhor Software Antivírus Gratuito e nossa postagem Como posso remover spyware mal-intencionado, malware? , adware, vírus, trojans ou rootkits do meu PC? . Verifique as extensões instaladas no (s) seu (s) navegador (es), já que isso é outro favorito dos hackers.