Você pode usar o SDelete , uma ferramenta gratuita da Microsoft. Isso pode excluir com segurança um arquivo ou limpar todo o espaço livre em uma partição.
Se você quiser uma GUI, Borracha é uma alternativa.
A julgar pela documentação do MySQL para InnoDB e MyISAM , os arquivos relevantes a serem excluídos são ibdata, * .IBD e * .FRM para um banco de dados InnoDB e os arquivos * .FRM, * .MYD e * .MYI para o MyISAM.