Os clipes usados no iMovie são na verdade "miniclips" otimizados para edição, armazenados como miniaturas em seu computador. Se você substituir o arquivo de origem, mas continuar seguindo normalmente, o vídeo deverá ser renderizado corretamente no final.
Com o novo QuickTime X e sua função de recorte, o que você pode fazer é recortar o clipe de origem (faça uma cópia primeiro) nas partes afetadas e reimportá-lo.