AFAIK, a única maneira de funcionar é usar o formato .doc e, mesmo assim, pode não ser totalmente confiável. Caso contrário, o problema é que o Word faz referência ao objeto do Excel incorporado existente usando uma ID que (a) o Word altera quando você salva ou reabre o .docx e (b) que não é possível descobrir usando o Modelo de Objeto do Word. Então você não pode nem mesmo "consertar" as referências usando o VBA.