Primeiro, alguns conselhos. Não seja um idiota. Se você está deixando sua empresa atual em condições ruins, apenas vá embora. Não saia do seu caminho para estragar tudo ao sair. Excluir propositalmente os documentos relacionados ao trabalho que podem ajudar a sua substituição significa apenas quando a substituição pode não ter nada a ver com a sua saída em primeiro lugar.
Dito isso, a menos que você tenha acesso físico à máquina com os dados nela, não há como excluir os arquivos "com segurança". E mesmo se você fez, é provável (espero) que seu empregador tenha backups que eles possam restaurar.