Um amigo meu sugeriu \ A.git \ Z para a pasta .git. Parece funcionar de forma eficaz. O resultado final foi o seguinte ignore.default em /etc/xdg/ubuntuone/syncdaemon.conf:
ignore.default = \A#.*\Z
\A.*~\Z
\A.*\.py[oc]\Z
\A.*\.sw[nopx]\Z
\A.*\.swpx\Z
\A\..*\.tmp\Z
\A\.git\Z