Se os arquivos forem copiados com sucesso, sem erros, é altamente improvável que você tenha problemas com eles. Com tantos setores fracassando, eu certamente me prepararia para substituir esse disco rígido em pouco tempo, vá em frente e comece a fazer backups para documentos ou mídias importantes apenas para estar seguro. Geralmente, se um arquivo estiver sendo copiado de um setor corrompido de um disco, ocorrerá um erro, em vez de ser problemático posteriormente.