O Windows 2000 / XP / Vista / 7/8 calcula o identificador de partição como assinatura de disco de 32 bits (encontrada em MBR) + deslocamento de partição de 64 bits (em bytes, desde o início do disco).
O identificador de partição da Partição raiz do sistema Windows é armazenado em BCD (seção de registro \ Boot \ BCD e log de registro \ Boot \ BCD.LOG) e também no banco de dados do gerenciador de montagem (HKEY_LOCAL_MACHINE \ SYSTEM \ MountedDevices), fisicamente armazenado em \ Windows \ System32 \ Config \ SYSTEM e \ Windows \ System32 \ Config \ SYSTEM.LOG.
Então, o identificador de partição do disco C: será alterado após suas manipulações. Normalmente, o Windows é capaz de se reparar no momento da inicialização, mas, se não, você pode corrigir as duas referências usando CD de inicialização de emergência, Montar & Central de inicialização: link