Eu tentaria convertê-los em WAV e comparar seus checksums.
ffmpeg -i file1.m4a file1.wav
ffmpeg -i file2.flac file2.wav
md5sum file1.wav
md5sum file2.wav
rm file?.wav
Compare os md5s produzidos. Se eles combinarem, parabéns! Seus arquivos contêm os mesmos dados. Se eles não coincidirem, poste a saída desses comandos aqui, e eu olharei. Potencialmente há uma diferença de taxa de bits ou algo assim (não deveria haver ... mas pode haver, eu não sei).
Observe que ffmpeg
s gerará arquivos intermediários comparativamente grandes.