Isso é muito estranho que você esteja vendo isso com todas as suas ferramentas (Nautilus, cp etc.) e que você está vendo isso em ambos os compartilhamentos USB e Samba. Isso é sugestivo de que alguma outra coisa está acontecendo. Eu recomendaria instalar o iotop (deve ser executado sob sudo / root):
$ sudo apt-get install iotop
$ sudo iotop
Isso ajudará você a ter uma ideia do que está acontecendo. Se as coisas parecem que estão penduradas, você poderia colocar um comando de 'sincronização' para ver se algo está ficando hosed com o arquivo ficar preso.
$ sync
Também usando:
$ top
Pode permitir que você monitore o processo para ver se ele está suspenso.
Finalmente, eu uso o rsync para minhas transferências de rede (por uma variedade de razões, como a capacidade de retomar e visualizar o progresso), então você pode querer explorar usando o rsync.
$ rsync -v --progress /path/to/myfile /path/to/destination/
Existem outros motivos pelos quais você também pode ver isso que podem estar relacionados a hardware ou a falhas iminentes de hardware.