Você não precisa executá-lo, mas é uma boa ideia. O problema é que, se o computador travar, o sistema operacional não terá a chance de desmontar o sistema de arquivos. Portanto, o sistema de arquivos pode não ser mais consistente. Sistemas de arquivos inconsistentes podem levar a problemas significativos. Você pode perder arquivos. Você pode ter arquivos com referência cruzada (edite um arquivo e seu conteúdo em outro). Esse tipo de coisas. Se você não lidar com esses problemas, todas as apostas serão canceladas.
No entanto, estou curioso em seu comentário de que leva meia hora. Você está executando o NTFS ou o FAT32? Se você estiver executando o FAT32, mude para o NTFS. O NTFS é um sistema de arquivos journalled . Entre outras coisas, isso significa que deve ser consideravelmente mais rápido verificar a consistência do sistema de arquivos após uma falha. Quando o Vista falha em mim, demora menos de alguns minutos para verificar minha partição NTFS de 1,5 TB, a menos que as coisas tenham sido terrivelmente erradas.
A entrada da Wikipedia no fsck entra em detalhes um pouco mais sobre por que você precisa verificar a integridade do sistema de arquivos, embora da perspectiva dos sistemas operacionais Unix e Linux.