Embora a maioria não seja gratuita, recomendo o check-out:
- Yojimbo - Projetado para armazenar senhas, arquivos, notas, etc. Eu pessoalmente uso isso para um off notas, senhas, etc .
- EagleFiler - Semelhante ao conceito de Yojimbo
- VoodooPad - Um wiki na sua área de trabalho, ótimo para armazenar perto de tudo. Dito isso, a versão gratuita não permite incorporar arquivos. Eu pessoalmente uso isso também e uso para 90% do que você listou.
- Code Collector Pro - Fabuloso para trechos de código, costumava haver uma versão Lite (gratuita) (você ainda pode encontrá-la se você procura). Eu usei a versão Lite e foi bom para amostras de código.