Eu provavelmente começaria a recriar a imagem da máquina.
Mas se você está determinado a descobrir a causa real, troque o disco rígido por uma máquina idêntica - veja se o problema se move com a unidade ou fica com o hardware.
Se ele se move com a unidade, é um problema de driver, software ou malware. Limpe a unidade e comece de novo. Ou continue mexendo com drivers e desinstalando programas até que o problema desapareça.
Se permanecer no computador, você terá problemas de hardware. Talvez alguém construiu um microcontrolador usb para digitar números aleatoriamente apenas para irritá-lo e conectá-lo ao conector USB dentro da máquina. Ou talvez o hardware esteja com defeito e precise ser substituído.