Se você clicou no ícone de ejeção pequena no Finder, isso irá desmontar e ejetar a unidade usb, que dará o erro que você viu. Você quer desmontar apenas.
A desmontagem pode ser feita no Utilitário de Disco da Apple usando o botão Desmontar (na barra de ferramentas ao lado de Ejetar ), ou pode ser feito como Marcel responde abaixo da linha de comando.
sudo diskutil unmountDisk /dev/diskN