Eu não testei, mas acho que :set sessionoptions+=folds
fará exatamente o que você quer.
:help 'sessionoptions'
:help :mksession
eu uso
:mksession s.vim
para salvar minha sessão atual. Exceto por dobras que eu abri ou fechei durante ele.
O que devo fazer para ativar isso?
Eu uso as seguintes configurações de dobra no meu vimrc
set foldcolumn=4
set foldmethod=indent
set foldlevel=10
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