Dependendo do programa, ele pode não ter efeitos negativos ou pode tornar o software inutilizável.
Por exemplo, altere as permissões do seu diretório ~ / .ssh e veja qual erro você recebe ao tentar e ssh em outra máquina.
Alguns programas acessam arquivos de configuração como um usuário específico. com 777 permissões, qualquer um poderia sobrescrever o arquivo tornando-os o proprietário do arquivo.