Seu computador provavelmente estava infectado demais para considerar mais seguro. A remoção não deve levar tanto tempo e, como você está infectado há tanto tempo, provavelmente tem um rootkit .
Por Recomendação da Microsoft para as principais infecções por malware:
Once you've identified a rootkit on your system, the remediation options are somewhat limited. Because rootkits can hide themselves, you may not know how long they've been on the system. You also may not know what information the rootkits have compromised. The best reaction to an identified rootkit is to wipe and reinstall the system. Although drastic, this is the only proven method to completely remove rootkits.