Os aplicativos vão funcionar como o tempo, tenho certeza. Mantenha-se atualizado e os níveis de 64 bit irão gradualmente permear os aplicativos que não são da Apple (e da Apple - muitos aplicativos da Apple ainda são de 32 bits e provavelmente serão por algum tempo).
A menos que você possa eliminar todos os últimos processos de 32 bits da sua máquina, não há penalidade na execução de aplicativos de 32 bits em que todas as versões de 32 bits dos frameworks & os dylibs serão carregados de qualquer maneira.