Você está querendo apagar apenas os arquivos do diretório atual, ou arquivos de subdiretórios também? Para este último, isso funcionaria sob a maioria dos ambientes unix-a-like
find . -type f -print0 | xargs -0 rm -f
ou se você sabe que não há arquivos ou diretórios com espaços em seus nomes, você pode simplificar um pouco com
find . -type f | xargs rm -f
Eu não sou um usuário da Apple, então eu sei pouco dos diretórios .app dos quais você fala, mas você deve ser capaz de evitar tocá-los adicionando grep entre find e xargs como
find . -type f | grep -v \.app | xargs rm -f
Substitua rm -f
por ls
ou ls -l
em todos os itens acima para obter uma lista do que seria excluído em vez de executar a exclusão.