Se o usuário com o qual você está se conectando ao banco de dados tiver "DROP TABLES" permitido, você poderá fazê-lo com uma consulta ...
DROP TABLE table1, table2, table3, etc, etc, etc;
Confira Mysql soltando várias tabelas para uma boa descrição de como para fazer isso usando ferramentas de linha de comando (se você puder se conectar ao servidor via SSH).