Não, um executável de 64 bits é um executável de 64 bits é um executável de 64 bits. Os dois diretórios separados existem para facilitar a manutenção de uma cópia de 32 bits e 64 bits de um aplicativo, até onde eu saiba.
Você precisará recompilar suas coisas para 64 bits, pois a localização de um executável não faz diferença em como ele é executado.