Se você planejou antecipadamente e deixou espaço para a instalação do Linux na unidade, isso não é necessário. Sua partição do Windows e a partição do Linux não têm impacto real, além de acessar os dados uns dos outros, se você quiser fazer isso. No entanto, se você precisar redimensionar a partição do Windows, é muito melhor desfragmentar a unidade antecipadamente, para que o trabalho do gerenciador de partição de garantir que todos os dados estejam no lugar certo é mais fácil. Como Synetech apontou, porém, não há mal nenhum em arrumar o disco (a menos que seja uma unidade de estado sólido, como também foi apontado).