Eu tinha mais ou menos o mesmo problema em um AMD MB antigo, acredito da MSI (o que me levou a um frustrante processo de busca de erros com várias placas gráficas antes de perceber que elas não tinham nada a ver com isso). Um amigo com um cartão POST (que ele havia comprado por US $ 4) verificou, e descobriu-se que o BIOS simplesmente enforcado em um determinado estágio cada segundo boot (ele alegou que era exatamente a segunda inicialização quando ele testou com o seu leitor. Minhas notas do processo de busca de erros indicaram que era mais irregular, mas eu mudei placas gráficas muitas vezes também, e outros fatores podem ter influenciado isso). Isso também foi algo que de repente começou a acontecer com a máquina depois de vários anos de execução (e algumas falhas, devido a um disco rígido com falha. Não sei se estava relacionado).
Minha "solução" para o meu caso específico era que o hardware estava obsoleto de qualquer maneira e precisava ser substituído. Não sei se pode ser corrigido diretamente no hardware. A única coisa que eu testaria seria atualizar / reflash os drivers do BIOS e esperar o melhor. Caso contrário, minha aposta está em um novo MB.
Eu posso notar que eu tinha tentado, na ordem, mudar a PSU e a placa gráfica sem nenhum benefício a longo prazo (foi muito irritante descobrir que "yay, a nova fonte de alimentação fez funcionar!" para ver se ela falhou a próxima reinicialização e assim por diante. Não são as melhores horas da minha vida).