Existem algumas abordagens:
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Crie uma partição TrueCrypt. Não estará sujeito a exclusão acidental. Mas o seu PC já deve ter executado o truecrypt. Ou crie outra partição com truecrypt nela.
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Crie um arquivo contêiner TrueCrypt dentro de uma partição normal. Ele pode ser excluído, mas, novamente, todos nós conhecemos ferramentas para desfazer a exclusão de arquivos. =) Um arquivo contêiner facilita o backup.