Ctrl + Alt + Del é tratado no nível mais baixo do sistema operacional e não pode ser substituído pelos programas de espaço do usuário. É por isso que o Windows requer o Ctrl + Alt + Del antes do logon - isto irá assegurar que as teclas que seguem a Ctrl + Alt + Del ser manipulado pelo Windows e não por outro software.
O mais provável é que o seu programa que foi interrompido tenha parado completamente o funcionamento do sistema operacional (por exemplo, causando problemas com a memória / placa gráfica e assim por diante).