Sandboxie não foi mencionado ainda. Ele intercepta as operações do sistema operacional relacionadas a um aplicativo e seu instalador (por sandbox.com):
The following classes of system objects are supervised by Sandboxie:
Files, Disk Devices, Registry Keys, Process and Thread objects, Driver objects, and objects used for Inter-process communication: Named Pipes and Mailbox Objects, Events, Mutexs (Mutants in NT speak), Semaphores, Sections and LPC Ports.
Você pode testar (ou executar permanentemente) um aplicativo, sabendo que o registro real não é alterado, mas sim espelhado pelo sandboxie (que armazena o estado alterado por um aplicativo em seu próprio formato de arquivo).
Minha experiência pessoal com ele foi misturada (tentei uma versão anterior à atual, concedida). Nem todos os tipos de aplicativos do Windows funcionavam perfeitamente sob seu controle. Pode valer a pena conferir, no entanto.