Isso é muito estranho. cgypath está retornando caminhos com espaços neles, e quando tento cd para eles, eles falham como não sendo encontrados. Eu também percebo esse comportamento estranho com pwd . Observe isto:
MyUser@MyMachine /cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45
$ pwd
/cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45
MyUser@MyMachine /cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45
$ cd /cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45
-bash: cd: /cygdrive/c/Program: No such file or directory
MyUser@MyMachine /cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45
Por que isso está acontecendo?
Você precisa escapar de seus espaços com barras invertidas ou citar seus caminhos:
cd /cygdrive/c/Program\ Files/Java/jdk1.6.0_45
ou
cd "/cygdrive/c/Program Files/Java/jdk1.6.0_45"
Isso ocorre porque os comandos recebem vários argumentos. Os argumentos são separados por espaços, portanto, a linha de comando acha que você passa o argumento /cygdrive/c/Program e o argumento Files/Java/jdk1.6.0_45 para o comando cd .