Eu já tive várias fontes THOUSAND instaladas. Ele começou a impactar o desempenho, mas apenas quando cheguei a mais de 1000, e mesmo assim foi o Win 98 em um sistema com hardware que não é nada comparado ao que sua máquina possui.
Acho que, se essas fontes estiverem afetando o desempenho, provavelmente será negligenciável. Gostaria de focar sua atenção em outras coisas que podem estar retardando o sistema - programas em execução no momento da inicialização (especialmente em laptops), drivers de hardware muito grandes que não estão sendo usados, etc.
A melhor coisa a fazer seria (e sempre é) uma instalação limpa do sistema operacional, mas às vezes isso não é uma opção.
Boa sorte!
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