Este é um conselho muito desatualizado.
A recomendação de não confundir o diretório raiz remonta aos dias do FAT12 ( lançado em 1980) e FAT16 (primeiro lançado em 1987). Esses sistemas de arquivos normalmente tinham um limite de 512 entradas no diretório raiz, enquanto os subdiretórios tinham um limite maior. De acordo com Wikipedia :
The number of root directory entries available for FAT12 and FAT16 is determined when the volume is formatted, and is stored in a 16-bit field. For a given number RDE and sector size SS, the number RDS of root directory sectors is RDS=ceil((RDE×32)/SS), and RDE is normally chosen to fill these sectors, i.e., RDE*32=RDS*SS. FAT12 and FAT16 media typically use 512 root directory entries on non-floppy media. Some third-party tools, like mkdosfs, allow the user to set this parameter.
Nenhum sistema de arquivos lançado após a introdução do FAT32 em 1996 colocou qualquer restrição no número de entradas em o diretório raiz. No entanto, com alguns sistemas de arquivos, você ainda pode estar limitado pelo número máximo de arquivos total suportados.