Não é tanto que sua versão do Apache / PHP foi revertida - é apenas a versão errada carregada.
Se o Compartilhamento da Web do Mac OS X estiver ativado, ele ativará automaticamente a versão do Apache e o PHP da Apple fornecerá o uso do LaunchDaemon org.apache.httpd.plist in /System/Library/LaunchDaemons (isso substituirá a versão do MacPorts). Você desejará desabilitar isso desabilitando o Compartilhamento da Web no Painel de Preferências de Compartilhamento ou executando sudo launchctl unload -w /System/Library/LaunchDaemons/org.apache.httpd.plist .
Quando você instalou o Apache para MacPorts, ele instalou um LaunchDaemon em /Library/LaunchDaemons , que, se habilitado, inicializará automaticamente a versão MacPorts do Apache. Para ativá-lo, execute sudo launchctl load -w /Library/LaunchDaemons/org.macports.apache2.plist e você estará fora das corridas.
Se você estiver executando apachectl para reiniciar, verifique se selecionou a versão correta. Você pode precisar alterar seu $ PATH para ter /opt/local/apache2/bin antes de /usr/sbin
Quanto a qual versão do PHP está sendo usada; na linha de comando isso dependerá do seu $ PATH enquanto que para o Apache é inteiramente na sua configuração de onde o módulo libphp5 está. ( /etc/apache2/ para a versão interna, /opt/local/apache2/conf para a versão MacPorts instalada)