Não há sistemas de arquivos comuns que eu saiba que tenham qualquer dependência em uma arquitetura de processador específica. EXT (2,3,4) são o mesmo sistema de arquivos em um ARM, x86, x64, ia64, ppc, mips ou qualquer outro processador.
Os arquivos armazenados no sistema de arquivos estarão disponíveis em qualquer sistema que possa montar o sistema de arquivos.
É claro que qualquer conteúdo executável (programas) só será executado em uma arquitetura apropriada.