O próprio Python não possui um console - mas você provavelmente o está usando em um programa emulador de terminal gráfico, como gnome-terminal ou xterm. No gnome-terminal, o Control + Plus (iirc) fornece uma fonte maior e, no xterm, Shift + NumpadPlus. Você também pode salvar sua preferência, usando o menu ou usando alguns recursos X .
O Xterm (e alguns outros) também possui menus pop-up, se você mantiver o controle e um botão do mouse.
Após o teste no PyMOL, descubro que ele usa o Tkinter e tem um código de seleção de fontes codificadas em pmg_tk/skins/normal/__init__.py
. Na minha cópia, ele seleciona uma fonte Bitstream Vera Sans Mono, tamanho de pontos de 9 a 12, de modo que "PyMOL" tenha pelo menos 31 pixels de largura. Alterar os limites é possível, mas sugiro enviar uma solicitação de recurso para configurá-la.