Sim.
Para o Ubuntu, você realmente só precisa do linux-headers-*
empacotado instalado para o destino desejado. Aqui está um Makefile de exemplo que define o KDIR para um local de cabeçalho personalizado:
obj-m := example.o
KDIR := /usr/src/linux-headers-4.2.0-18-generic
PWD := $(shell pwd)
default:
$(MAKE) -C $(KDIR) SUBDIRS=$(PWD) modules
clean:
$(MAKE) -C $(KDIR) SUBDIRS=$(PWD) clean
Isso deve funcionar da mesma forma dentro de um chroot.