ISO Master
Eu usei o ISO Master para adicionar arquivos a ISOs antes. É adequado para o que você precisa porque mantém o estado de se o ISO é inicializável ou não. Eu usei no passado para adicionar outro conteúdo (como música) para um disco ao vivo. Note, no entanto, que depois de fazer alterações em um arquivo ISO, você pode apenas "Salvar como", ou seja, outro arquivo ISO será criado, por isso certifique-se de ter espaço suficiente em disco para ambos.