Citando wikipedia :
PCI Express 3.0 Base specification revision 3.0 was made available in November 2010, after multiple delays. In August 2007, PCI-SIG announced that PCI Express 3.0 would carry a bit rate of 8 gigatransfers per second (GT/s), and that it would be backward compatible with existing PCIe implementations.
Ênfase é adicionada.
Então, sim, o cartão funcionará no slot, mas, como nerdwaller mencionou, você pode não obter desempenho total dependendo da resolução ou das taxas de quadros desejadas.