O que você está procurando é Audacity . Também grátis.
Quando você abrir seu MP3, ele mostrará uma representação gráfica da faixa e as divisões deverão ser fáceis de ver, especialmente se houver uma lacuna. As repetições podem ser excluídas e a faixa salva.
Ele não fará isso automaticamente, mas é uma tarefa manual fácil de usar
A representação gráfica é assim - (de wiki.audacityteam.org/) e mostra como são as lacunas do silêncio total:
Aquiestáumaimagemdeumafaixaestéreocomintervalosdesilêncio.Nestaimagemousuárioselecionoupartedagravação,mostradacomosombreada,por"clique, arraste e solte". Para excluir o som selecionado, tudo o que ele precisa fazer é pressionar a tecla Excluir .