Bem, primeiro de tudo você deve rodar apenas os 2GB, você provavelmente não tem XP x64, então o GB adicional não faz nada exceto deixar sua RAM fora do modo dual channel. Isso por si só não deve causar esse problema.
Você adicionou o segundo HDD como um drive secundário ou usou um utilitário clone de disco para mover o conteúdo do 250GB para o 1TB?
Abra o gerenciador de tarefas, verifique se "Mostrar processos de todos os usuários" está marcado e classifique pelo uso da CPU, o que está ocupando mais a CPU. Além disso, o que ele diz sobre sua memória RAM, se ela está cheia ou se você tem algum espaço livre.
Estas são as duas únicas coisas que você atualizou?
Qual é a marca / modelo do seu computador? Se for personalizado, o que é o hardware?
Essa lentidão ainda acontece no modo de segurança?
Você usou um utilitário de teste de RAM como o memtestx86 + do link ?
Se você remover a nova RAM e o HDD, isso ainda acontece? Se isso não acontecer, adicione os componentes um de cada vez, até que você possa descobrir qual é o culpado.
Você precisa solucionar problemas básicos antes que alguém possa começar a adivinhar os problemas que você está tendo.