Eu tive o mesmo problema que você. Ryzen 1800x
Eu sugiro que você:
Reabilite o SMT - Não é necessário desativá-lo.
Volte para o kernel atual normal para o Ubuntu 16.04 que é atualmente 4.4.0-93
Desative todas as opções globais de C-State de "economia de energia" no BIOS.
Desative também a opção cool n quiet.
Aumente a tensão do seu SoC para 1.1 para estabilidade, isso é recomendado. Conforme indicado neste vídeo: link
A recomendação acima é válida se você estiver estressando a CPU ou se estiver ocioso.
Faça o download dos drivers AMD mais recentes no site da AMD para sua placa. Você também pode experimentar os drivers de código aberto mais recentes por meio de: "Drivers adicionais" em "Software e atualizações". Eu recomendo esta opção primeiro.
Antes de fazer o acima, basta redefinir o BIOS para o padrão e verificar se existe uma versão mais recente disponível.