Isso pode depender do antivírus e do verificador de vírus, mas, em geral, não.
Certamente no (na minha opinião) evento improvável que funcione, será muito lento - ele precisa varrer todo o disco, incluindo arquivos excluídos e espaço não utilizado, sem o conhecimento do layout que está procurando, ou até mesmo o compensações.
Muitos vírus podem ser encontrados por causa de assinaturas em um arquivo [relativo ao início / fim do arquivo] - sem essa informação, não funcionaria. Além disso, afirmo que a fragmentação do disco causará mais problemas, já que cargas úteis podem ser fragmentadas e dispersas em partes separadas do disco.