Não há algo como "vídeo de qualidade HD 720p perfeito". 720p é, por definição, qualquer vídeo progressivo com uma altura de 720 pixels. Há um milhão de fatores que afetam a qualidade de qualquer vídeo compactado, muitos deles detalhados aqui. Em suma, não, você não obterá a melhor qualidade possível usando a linha de comando acima. Você não considerou nenhum dos fatores que afetam a qualidade do vídeo, como taxa de bits, formato ou perfil.
ffmpeg é "software de conversão de vídeo dedicado". O software do qual você fala freqüentemente usa ffmpeg ou similar por baixo para fazer o trabalho real. A única vantagem seria uma interface de usuário bonita e acesso mais fácil às configurações que você não sabe como usar na linha de comando.
Você pode começar com algo semelhante ao seguinte para ter uma ideia das configurações disponíveis: