Eu percebo que é meio que um kludge, mas você sempre pode enviar os documentos por e-mail para si mesmo. Quando eles estiverem na sua caixa de entrada, você poderá visualizá-los a qualquer momento offline. Quando você está no trabalho, você pode usar o iTunes para sincronizar sua caixa de entrada com Mail.app ou Outlook para transferir os documentos.
Se você usa o Gmail, pode configurar um marcador para essas mensagens e criar um filtro para detectar se o remetente é seu endereço de e-mail. Você pode então (se ainda não tiver feito isso) configurar sua conta do GMail no seu iPhone para acesso IMAP e poderá acessar esse rótulo como uma pasta.
editar 29/07/09: A Apple acaba de lançar um novo aplicativo, iDisk, que funciona muito melhor, desde que você tenha uma conta do MobileMe. Tudo o que você precisa fazer é copiar seus PDFs (ou qualquer outro) para o seu iDisk no (s) seu (s) computador (es) e baixá-los no seu iPhone usando o novo aplicativo iDisk. Desde que tenha baixado um documento, você poderá visualizá-lo estando ou não on-line.