A maneira do emacs de abrir arquivos no emacs é usar o emacsclient a partir da linha de comando. Isto requer que o emacs esteja executando o servidor emacs (usando M-x server-start ou coloque (server-start)
em seu arquivo .emacs).
Eu tenho isso no meu .bashrc (adaptar para zsh conforme apropriado):
alias em='emacsclient -n'
Estou executando o GNU Emacs 23.1.50.5 (construído a partir do CVS na semana passada) e esta versão traz minha janela do emacs para frente.
Se você está abrindo e saindo do emacs para cada arquivo editado, não está aproveitando ao máximo as possibilidades do emacs. Eu normalmente inicio o emacs logo após a reinicialização e ele permanece aberto até a próxima atualização de software do Mac exigir uma reinicialização.