Este comando não funciona com um mp4 com legendas incorporadas & extrair legendas de um Mp4 resultará no arquivo de legenda estilo MOV_TEXT, que não é o que você deseja. Basicamente, pesquise no Google por um SRT, teste e pronto para começar.
Se você tiver incorporado o SRT, também precisará de um arquivo separado com apenas vídeo e áudio. Para remover os fluxos srt, deixando o vídeo e o áudio que você quer.
Exemplo:
ffmpeg -i movie.mp4 -map 0:0 -vcodec copy -map 0:1 -acodec copy movienosubs.mp4
Então vamos supor que você agora tem
subtitle.srt
movienosubs.mp4
O comando FFMPEG seria o seguinte: (Note que isto só copia o primeiro fluxo de áudio, você pode precisar mexer com fluxos de mapeamento se não quiser ficar mais complicado, mas você tem a idéia)
ffmpeg -i movienosubs.mp4 -i subtitle.srt -c:v copy -c:a copy -c:s copy movieFINAL.mkv