Não com o Windows, como normalmente funciona. Você precisaria de algo mais para tirar esse golpe em particular.
Se esses arquivos estiverem sendo armazenados em um servidor, o Windows Storage Server tem um recurso Armazenamento de Instância Única que pode dar-lhe algo parecido com o que você quer.
O OpenDedup é uma implementação de sistema de arquivos entre plataformas que também é desdobrada. Você poderia executá-lo na sua área de trabalho, se necessário.
Também há opções de servidores não Windows. O ZFS no Solaris e no FreeBSD são particularmente populares.
Finalmente, às vezes você pode ter sorte com apenas salvar um arquivo, mas isso depende da implementação de salvamento de um aplicativo específico.