Eu recomendaria tentar hot-plug em vez de desligar, mudar a CPU e começar de novo.
Primeiro, você precisa marcá-lo como cpu-hot-plug:
VBoxManage modifyvm "VM name" --cpuhotplug on
Em segundo lugar, defina uma contagem máxima de CPU
VBoxManage modifyvm "VM name" --cpus 2
Em terceiro e último lugar, adicione ou remova a cpu "extra":
VBoxManage modifyvm "VM name" --plugcpu 1
# DO STUFF with extra core
VBoxManage modifyvm "VM name" --unplugcpu 1
Certifique-se de ter instalado o Linux Guest Additions
ou a caixa do Ubuntu não veria a nova CPU e poderia ter alguns problemas ao desconectar.
Como alternativa, se você tiver problemas com hot-plugging, desative o recurso, pare a VM, execute a operação da CPU e inicie-a novamente:
# Disable hot-plug if it does not work for you (only once)
VBoxManage modifyvm "VM name" --cpuhotplug off
VBoxManage controlvm "VM name" acpipowerbutton
VBoxManage modifyvm "VM name" --cpus 2
VBoxManage startvm "VM name"
# DO STUFF with extra core
VBoxManage controlvm "VM name" acpipowerbutton
VBoxManage modifyvm "VM name" --cpus 1
VBoxManage startvm "VM name"