FAT16 e FAT32 são sistemas de arquivos e não têm nada a ver com o MBR .
O MBR é essencialmente um "setor de inicialização" que descreve as partições da unidade e a localização da primeira parte do código de máquina que o computador pode usar na unidade.
FAT16 & FAT32, por outro lado, são os sistemas de arquivos que as próprias partições podem usar.
A razão pela qual FAT16 & FAT32 são comumente encontrados em dispositivos porque são muito bem suportados pela maioria (se não todos) sistemas operacionais, portanto a compatibilidade raramente é um problema. Mesmo que o dispositivo não use um sistema operacional convencional, as implementações FAT32 podem ser encontradas para a maioria dos dispositivos embarcados ou, se não estiverem disponíveis, são simples e bem definidas o suficiente para que a implementação seja fácil.
Qualquer fabricante de dispositivos embarcados pode usar qualquer sistema de arquivos de que goste, mas usar o FAT32 geralmente significa que, se quiserem ser conectados a um computador, tudo o que ele precisa fazer é expor sua memória flash como dispositivo de armazenamento em massa USB. um padrão bem definido) e o computador fará o resto. Se eles usarem um sistema de arquivos não padrão, eles terão que escrever um driver intermediário, seja no computador ou no próprio dispositivo, o que é muito mais trabalhoso do que apenas usar formatos padronizados.
Basicamente, tudo se resume a esforço. O FAT32 é fácil, confiável e adequado para quase todos os sistemas embarcados que não exigem um alto nível de segurança. Outros sistemas de arquivos podem ter benefícios, mas não possuem o suporte "universal".