Você provavelmente poderia conseguir exportar a chave de registro do OneNote do sistema de origem e importar para o novo sistema. Estou usando o Office 2010 e a chave relevante é:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office.0\OneNote
Para o Office 2007, que é a versão 12.0, seu caminho provavelmente seria:
HKEY_CURRENT_USER\Software\Microsoft\Office.0\OneNote
Você também pode tentar copiar as pastas do OneNote dentro de sua pasta appdata:
C:\Users\[username]\AppData\Local\Microsoft\OneNote
C:\Users\[username]\AppData\Roaming\Microsoft\OneNote
Embora essas pastas pareçam conter backups e informações armazenadas em cache. Eu faria o backup dessas pastas, apenas para tê-las, e começaria a importar os dados de registro. Se isso não lhe der o que você precisa, eu tentaria restaurar os dados dessas pastas.
Boa sorte!